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Nel 2004 debutta in Serie A con il Chievo, con l'obiettivo di portare i gialloblù alla salvezza. La prima parte della stagione è discreta e vede la squadra di Beretta nelle parti alte della classifica. Nella seconda parte, però, la squadra inizia un periodo di crisi e di risultati negativi che la portano a giocarsi la salvezza nelle ultime giornate. E proprio quando mancano 3 partite alla fine, la società decide di esonerarlo e di assumere l'ex difensore gialloblu Maurizio D'Angelo (che poi condurrà il Chievo Verona alla salvezza con il pareggio per 0-0 a Roma all'ultima di campionato). Nell'estate 2005 mister Beretta è assunto dal Parma. L'esperienza emiliana non parte nel migliore dei modi: la classifica del girone d'andata è deficitaria ed il tecnico deve convivere periodicamente con le voci che lo vogliono esonerato. Beretta, tuttavia, non si lascia intimidire e, grazie ad un ottimo filotto di risultati utili, riesce a condurre la squadra alla salvezza con quattro giornate di anticipo. La salvezza si trasformerà in qualificazione alla Coppa UEFA dopo gli eventi di Calciopoli. A fine stagione lascia gli emiliani per accasarsi al Siena, che conduce ad una difficile salvezza nella stagione 2006-07. Sostituito da Andrea Mandorlini alla guida della squadra toscana, torna sulla medesima panchina nel novembre del 2007,con l'arduo compito di salvare nuovamente la squadra senese che al suo arrivo è fanalino di coda della Serie A, con soli 9 punti frutto della precedente gestione di Mandorlini (1 vittoria e 6 pareggi) e ci riesce, portando la squadra a salvarsi con 3 giornate di anticipo rispetto alla chiusura del campionato, ottenendo inoltre il miglior risultato sportivo nella storia del Siena. Ciononostante la società bianconera non gli rinnova la fiducia, decidendo di affidarsi per la stagione successiva all'emergente Marco Giampaolo. Il 23 giugno 2008 diventa il nuovo allenatore del Lecce, neopromosso in Serie A, al posto di Papadopulo a cui non è stata data fiducia per la nuova stagione dopo un acceso diverbio con il direttore sportivo del club salentino Guido Angelozzi, e chiama ancora con sé il vice Carlo Garavaglia, il preparatore Paolo Lazzarin ed il collaboratore tecnico Max Canzi, tutti e tre con lui nel biennio trascorso a Siena. L'esperienza pugliese per Beretta si conclude il 9 marzo, dopo 27 giornate, quando viene esonerato dopo una pesante contestazione nei confronti della società da parte della tifoseria leccese con la squadra terz'ultima in classifica, ma ancora in lotta per la salvezza. Gli succede sulla panchina giallorossa Gigi De Canio, ma al termine della stagione il Lecce retrocede comunque in serie B classificandosi all'ultimo posto della classifica. Dal 29 novembre 2009 Beretta sostituisce Colantuono alla guida del Torino FC.